Durch Funde aus prähistorischen Gräbern lassen sich Rückschlüsse auf die Anfänge der Pflanzenheilkunde ziehen. Reste von Schafgarbe, Eibisch und Tausendgüldenkraut wurden in 60.000 Jahre alten Grabstätten gefunden.

Die ältesten schriftlichen Überlieferungen stammen aus China. Dort hat ein Kaiser ca. 3.000 v. Chr. das wohl älteste Heilpflanzenbuch mit über 200 Heilpflanzen verfasst.

Sehr umfangreiche Überlieferungen stammen aus den ägyptischen Königsgräbern. Die berühmteste schriftliche Aufzeichnung ist das "Papyros Ebers", das ca. 1.600 v. Chr. verfasst wurde. In dieser 20 Meter langen Schriftrolle finden sich ca. 800 Rezepte mit zahlreichen Heilpflanzen.

Der griechische Arzt Hippokrates (ca. 400 v. Chr.) gilt als der geistige Vater der modernen Medizin. Er betrachtete eine Krankheit nicht mehr als das Teufelswerk böser Dämonen, sondern als fortgesetzte Sünden gegen die Natur.
  Das bedeutendste Heilpflanzenbuch der Antike verfasste im 1. Jahrhundert n. Chr. der griechische Arzt Dioskurides. In seinem fünfbändigen Werk „Materia medica“ beschreibt er eingehend ca. 800 Pflanzen.

Vom 8.-13. Jahrhundert galten in Mitteleuropa die Klöster als Hüter der Wissenschaften. Viele Klöster besaßen damals einen Heilpflanzengarten. Die sog. „Mönchsmedizin“ entstand. Der Benediktinerabt Walafrid Strabo (809-849) verfasste ein Gartenbuch, „Hortulus“ genannt, in dem er 23 Heilpflanzen in Versform beschreibt. Heute wieder sehr bekannt ist die Äbtissin Hildegard von Bingen (1098-1179), die in ihrer „Physica“ antikes Wissen, christlichen Glauben und germanisches Weltbild verschmelzen läßt.

Durch die Erfindung des Buchdrucks durch Gutenberg (1450) erlebte die Heilpflanzenkunde eine Hochblüte. Neben der Bibel gehören nun Heilpflanzenbücher zu den bestverkauften Büchern.

Der Arzt Paracelsus (1493-1541) revolutionierte die Heilpflanzenkunde des Mittelalters. Er betrachtete den Menschen als Ganzes, eingegliedert in das Geschehen der Natur. Er sagte: „Die Natur zeichnet ein jegliches Gewächs ... dazu es gut ist“. Aus dieser Betrachtungsweise heraus entwickelte er die Signaturenlehre. Dabei schloß er aus der Form, Farbe und Geruch einer Pflanze auf ihre Heilwirkung. So soll z.B. die Walnuss gegen Kopfweh helfen, da die Nuss dem Gehirn ähnlich ist. Durch „Sublimieren“ und „Destillieren“ versuchte Paracelsus den Kern eines Arzneimittels zu finden.

Heutzutage gelten Heilpflanzen nur noch als wirksam, wenn man ihre Inhaltsstoffe analysieren kann (z.B. Morphin aus der Mohnpflanze). Die moderne Pflanzenheilkunde - auch Phytotherapie genannt - versucht, die reinisolierten Wirkstoffe auf ihren therapeutischen Nutzen hin einzuordnen. Dabei wird die Gesamtwirkung einer Heilpflanze, die in ihrer Ganzheit ja aus vielen Wirkstoffen besteht, mehr und mehr außer Acht gelassen. Eine Heilpflanze als ganzes Naturprodukt wirkt nämlich anders als eine isolierte Reinsubstanz.